通常、shtmlファイルをSSIとして実行させるには、

Options +Includes

AddType text/html .shtml
AddHandler server-parsed .shtml

SSIのうち、execだけを実行させないようにするには、

Options IncludesNoExec

を追加する。

.shtmlファイル全てではなく、たとえば
index.html
だけをSSIにして、他の.htmlファイルはSSIにしないようにするには、
Files指示をつけて

<Files index.html>
SetHandler server-parsed
</Files>

text/htmlの指定は、通常の.htmlに定義されているので不要です。
Options +Includesは、必要に応じて指定して下さい。

ディレクトリの指定はしていないので、.htaccessを置いたディレクトリ以下の、全てのindex.htmlが対象になります。

ファイル名に関係なく、ファイルのパーミッション属性で指定するには、

XBitHack on

とするだけ。

htmlファイルは、通常644や600などにするが、それを755や700のように、実行権限が与えられてあると、それをSSIとみなして実行させるようになります。

ファイル属性が関係ないWINDOWSサーバーでは使えません。

Apache Software Foundationでは、この設定は推奨していません。誤解していたため、削除。
ASFが推奨していないのは、XBitHackを知らない人に対して、すべてのファイルにSSI設定を行うことでした。